El nombre Qonakuy significa en idioma indígena Quechua: «traigo lo mejor de mí al encuentro contigo».
El nombre Qonakuy es una propuesta para deconstuir categorías y derribar viejos paradigmas heredados, para desalentar el individualismo que destruye la convivencia de y entre los pueblos, para impedir la tendencia de usar e instrumentalizar al ser humano a los fines de convertirlo en un engranaje más de una lógica mercantilista. Todo aquello que conduce al consumismo y destrucción, tanto de la humanidad como del ambiente.
Por el contrario Qonakuy nos convoca a una vida plena, a co-crear ambientes saludables, a construir vínculos sostenibles, a emprender caminos que favorezcan celebrar la unidad en medio de la diversidad de nuestra región. La invitación es a facilitar puentes de compromiso de ayuda mutua, de alteridad emancipadora e inclusiva y de bienestar ecosistémico.
A partir de las trayectorias institucionales y académicas de las universidades que conforman Qonakuy, se propone contribuir de manera asociativa y colectiva con las propias universidades y otras entidades académicas, instituciones de ciencia y tecnología, organismos multilaterales y organizaciones religiosas y sociales, programas del sector público y del privado, en la construcción de conocimiento, el desarrollo de la investigación y la búsqueda de la solidez teórica y práctica para avanzar en la solución de los problemas económicos, sociales y ambientales en el marco del desarrollo sostenible, la dignidad humana y el cuidado de la casa común.